体育科学研究所成立于2000年9月，是菠菜广告投放平台下属的专门从事科学研究工作的内设机构。根据学院发展思路与基本定位，科研所围绕学位点和学科建设，坚持基础研究与应用研究并重、系统研发与专项攻关相结合的原则，以学术、思想、智库、成果作为任务目标，深入开展体育科学研究，突出特色，服务学科发展。

科研所实行菠菜广告投放平台领导下的所长负责制，具体任务是引领和推动学院科学研究工作，协助学院制定科研发展规划，组织申报和完成各类科研项目，统计、整理与上报科技成果。研究团队由长期从事教学、科研和训练人员组成，目前学院形成了运动人体科学、体育人文社会学、体育教育训练学、民族传统体育学4个稳定研究方向。

运动人体科学：借助高原地理优势和甘肃省高校重点实验室，主要研究领域包括运动疲劳机制、高原生理与健康促进、运动训练监控、体质监测与评价。

体育人文社会学：以国家社会体育指导员培训基地为平台，主要研究领域包括西北体育发展战略、全民健身与体育公共服务体系、体育产业、少数民族村落体育。

体育教育训练学：依托省级重点学科、省级特色专业（体育教育）和甘肃省校园足球发展服务中心，主要研究领域包括体育教师教育理论与方法、民族地区体育教师专业化发展、运动训练理论与实践、校园足球发展研究。

民族传统体育学：以特色学科为基础，主要研究领域包括民族体育历史与文化、民族体育传承与发展、西北民族体育。

多年来，研究所人员主持和参与了多项国家级和省部级科研项目，部分研究成果得到国内外学术界的高度评价，产生了积极的社会影响。